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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  38 lines
  1. *********************************************************
  2. * Elongation factor 1 beta/beta'/delta chain signatures *
  3. *********************************************************
  4.  
  5. Eukaryotic elongation  factor 1 (EF-1) is  responsible  for  the GTP-dependent
  6. binding of aminoacyl-tRNAs  to  the ribosomes [1].  EF-1  is  composed of four
  7. subunits:  the alpha chain which  binds GTP  and  aminoacyl-tRNAs,   the gamma
  8. chain that probably plays  a  role in anchoring the complex to other  cellular
  9. components and the beta and delta (or beta') chains. The beta and delta chains
  10. are highly similar proteins that  both  stimulate the exchange of GDP bound to
  11. the alpha chain for GTP [2].   The  beta  and  delta  chains  are  hydrophilic
  12. proteins of around 23 to 31 Kd. Their C-terminal part seems  important for the
  13. nucleotide  exchange  activity,   while  the  N-terminal section  is  probably
  14. involved in the interaction with the gamma chain.
  15.  
  16. We have developed two signature patterns  for  this  family  of  proteins. The
  17. first corresponds  to  an acidic region in the central section; the second, to
  18. the C-terminal extremity of these proteins
  19.  
  20. -Consensus pattern: [DE]-[DEG]-[DE](2)-[LIVMF]-D-L-F-G
  21. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  22. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  23.  
  24. -Consensus pattern: V-Q-S-x-D-[LIVM]-x-A-[FWM]-[NQ]-K-[LIVM]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Expert(s) to contact by email: Amons R.
  29.                                 wmbamons@rulgl.leidenuniv.nl
  30.  
  31. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  32.  
  33. [ 1] Riis B., Rattan I.S., Clark B.F.C., Merrick W.C.
  34.      Trends Biochem. Sci. 15:420-424(1990).
  35. [ 2] van Damme H.T.F., Amons R., Karssies R., Timmers C.J., Janssen G.M.C.,
  36.      Moeller W.
  37.      Biochim. Biophys. Acta 1050:241-247(1990).
  38.